Sohn eines Wachtmeisters bei den Halberstädter Kürassieren
Theologiestudium in Halle und Berlin
seit 1859 Hauslehrer in Riga
seit 1863 verschiedene ländliche Pfarrstellen
seit 1871 Divisionspfarrer in Metz
1874 Stelle des vierten, 1883 des zweiten Hof- und Dompredigers in Berlin
seit 1877 Leitung der Berliner Stadtmission
Als Theologe von der Erweckungsbewegung geprägt und politisch konservativ, gründete er 1878 die Christlich-soziale Arbeiterpartei und versuchte, die Arbeiterschaft in christlichem und monarchisch-nationalem Sinn zu beeinflussen.
Stärker wirkte er jedoch durch seinen Antisemitismus, der sich vor allem in seiner Berliner Bewegung artikulierte.
1879 wurde Stoecker in das Preußische Abgeordnetenhaus gewählt, war 1881-93 und 1898-1908 Mitglied des Reichstags und Führer des äußersten rechten Flügels der Deutschkonservativen Partei.